برای پیدایش تفکر سکولاریسم در بین مسلمین عوامل متعددی را می توان برشمرد :

1-جریان سقیفه بنی ساعده و انحراف مسیر خلافت و حکومت از جایگاه اصلی خود

پس از رحلت پیامبر جریان ها و حوادثی در تاریخ اسلام اتفاق افتاد که زمینه ساز پذیرش جدایی دین از سیاست گردید . مهمترین رخداد پس از رحلت پیامبر در واقع منشا تمام حوادث تلخ تاریخ اسلام گشت ،جریان درد اور سقیفه بود که بنای انحراف انحطاط و اختلاف بین مسلمین را نهاد . از انجا که عده ای روایات پیامبر را مخالف با پاایداری حکومت خود  میدیدند دستور جمع آوری و سوزاندن احادیث پیامبر را صادر کرده و نقل هرگونه حدیث از پیامبر را ممنوع کردند .سفارش رسول الله را فراموش کرده و به استناد به رای مردم و شوری به نحوی دین را از سیاست و حکومت جدا کردند ،خلافت از سیر اصلی خود منحرف شد و بین قران و عترت جدایی انداختند و در نتیجه بذر اصلی جدایی دین از سیاست کاشته شد . استاد شهید مرتضی مطهری معتقدند که بزرگترین ضربه وقتی بر پیکره اسلام وارد شد که سیاست از دیانت جدا گشت  ان هنگامی بود که منحرفین سقیفه را به راه انداختند .